Aktiivisubwoofereissa on yleensä ainakin kaksi perussäätöä: taso ja jakotaajuus. Lisäksi subwoofereissa voi olla vaiheenkääntökytkin tai vaiheen portaaton säätö.
Taso (Level tai Gain) tarkoittaa subwooferin voimakkuutta ja jakotaajuus (Crossover Frequency, LP(-Filter), Cut Off) taajuutta, jota korkeammalle subwoofer ei toista. Vaiheella tarkoitetaan kaiuttimen kartion edestakaisen liikkeen aiheuttaman paineenvaihtelun muodostaman ääniaallon vaihetta tietyssä paikassa, eli onko ääniaalto niin sanotusti aallon pohjassa vai sen harjalla (asteluvulla +/- 180 astetta).
Samaa taajuusaluetta toistavien kaiuttimien tulee olla keskenään samassa vaiheessa, muuten niiden ääniaallot kumoavat toisensa. Tällöin niiden sanotaan olevan vastavaiheessa. Vaiheenkääntökytkimellä voidaan kääntää subwooferin vaihe siten, että se olisi yhtenevä pääkaiuttimien kanssa. Portaattomalla vaiheenkääntökytkimellä vaihetta voidaan säätää tarkasti esimerkiksi eri etäisyydellä kuuntelijasta olevien kaiuttimien vaiheiden sovittamiseen.
Näillä säädöillä on suuri merkitys, ei pelkästään subwooferin vaan koko äänialueen toistoon.
Kytkentöjen jälkeen säätöjen on hyvä olla alussa perusasetuksilla: taso minimissä, jakotaajuus korkeimmalla taajuudella ja vaihe 0-asennossa. Seuraavaksi kytketään virrat päälle ja tuttua musiikkia soimaan normaalilla kuunteluvoimakkuudella. Sitten nostetaan tasoa siten, että basso kuuluu selvästi muttei liian kovaa. Seuraavaksi käännellään vaiheenkääntökytkintä tai säädintä laidasta laitaan. Se asento, missä bassot – myös ylempi bassoalue – kuulostavat voimakkaammalta, on oikea. Kaiuttimet ovat tällöin keskenään oikeassa vaiheessa.
Seuraavaksi säädetään jakotaajuutta alemmaksi, ja samaan aikaan tasoa hienosäädetään siten, että basso kuulostaa halutun voimakkaalta mutta silti selkeältä, tasapainoiselta ja tarkalta.
Subwoofer ei saa soida liian kovaa suhteessa muihin kaiuttimiin tai taajuuksiin. Sen toiston tulisikin sulautua muuhun äänialueeseen mahdollisimman saumattomasti. Hyvin säädettynä subwooferia ei pitäisi edes huomata.